Przez lata współpracował z Lechem Wałęsą jako przewodniczącym NSZZ „Solidarność”, a później prezydentem RP. Jako szef MSW w grudniu 1995 r. oskarżył z mównicy sejmowej premiera Józefa Oleksego o współpracę z rosyjskim wywiadem, a dzień później podał się do dymisji. Szczecinianie pamiętają Andrzeja Milczanowskiego jako legendę podziemnej „S” w latach 80. XX wieku. Ci, z którymi tworzył służby specjalne III RP, cenili swojego szefa m.in. za perfekcyjnie przeprowadzoną w 1990 r. operację wywiezienia z Iraku grupy oficerów amerykańskiego wywiadu.
Andrzej Milczanowski urodził się 26 maja 1939 r. w Równem (obecnie w Ukrainie). W 1962 r. ukończył studia prawnicze na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. W latach 1962-1968 pracował w Prokuraturze Powiatowej w Szczecinie, a później jako radca prawny w przedsiębiorstwach związanych z gospodarką rolną i komunalną. Działał w demokratycznej opozycji. W 1978 r. nawiązał kontakt z KOR (Komitetem Obrony Robotników). W sierpniu 1980 współtworzył biuletyn strajkowy „Tramwajarz”, był członkiem Prezydium Komisji Robotniczej Wojewódzkiego Przedsiębiorstwa Komunikacji Miejskiej w Szczecinie, od października 1980 do maja 1981 r. kierował biurem prawnym „S”. 13 grudnia 1981 r. współorganizował strajk w Stoczni Szczecińskiej im. Adolfa Warskiego. Jak podkreślono w „Encyklopedii Solidarności”, był „faktycznym przywódcą strajku w stoczni”.
Od jesieni 1980 r. był rozpracowywany przez komunistyczną bezpiekę. Po ogłoszeniu stanu wojennego i pacyfikacji stoczni został aresztowany. W marcu 1982 r. Sąd Pomorskiego Okręgu Wojskowego z siedzibą w Bydgoszczy skazał Milczanowskiego w trybie doraźnym, na 5 lat więzienia i 3 lata pozbawienia praw obywatelskich. Opozycjonista został osadzony w Zakładzie Karnym w Koronowie, Potulicach, a później w Braniewie. Był inicjatorem głodówki w obronie pobitych więźniów i autorem petycji do władz w sprawie statusu więźnia politycznego. Na mocy amnestii z 1983 r. wyrok złagodzono. Więzienie opuścił w kwietniu 1984 r. Powrócił do działalności w strukturach podziemnej Solidarności, założył pismo „S” w Wojewódzkim Przedsiębiorstwie Komunikacji Miejskiej pt. „Termit”, publikował – pod pseudonimami, ale również pod nazwiskiem – w kilku opozycyjnych wydawnictwach. W 1987 r. współorganizował akcje składania wniosków w sądzie o rejestrację zakładowych organizacji „S”. W 1988 r. współorganizował strajki w WPKM i Porcie Szczecin.
Od 1988 r. był członkiem Komitetu Obywatelskiego przy przewodniczącym Solidarności Lechu Wałęsie. Uczestniczył w obradach Okrągłego Stołu, w podzespole ds. reformy prawa i sądów. Od maja 1989 r. zasiadał w prezydium Komisji Krajowej Wykonawczej „S”; współorganizował KO w Szczecinie. Po wyborach 1989 r. zrezygnował z funkcji związkowych, w maju 1990 r. został zastępcą szefa Urzędu Ochrony Państwa, a od sierpnia tego roku kierował UOP.
W tym czasie polskie służby specjalne przeprowadziły m.in. operację wywiezienia grupy oficerów amerykańskiego wywiadu Iraku (podczas pierwszej wojny w Zatoce Perskiej) a Andrzej Milczanowski po latach otrzymał wysokie odznaczenie CIA.
W latach 1992-1995 pełnił funkcję ministra spraw wewnętrznych. Podał się do dymisji w grudniu 1995 r. po wygraniu wyborów prezydenckich przez Aleksandra Kwaśniewskiego (MSW było tzw. resortem prezydenckim) i tzw. sprawie Olina. Milczanowski, przemawiając w Sejmie, 21 grudnia oskarżył ówczesnego premiera Józefa Oleksego o współpracę z rosyjskim wywiadem (w postępowaniach sądowych ostatecznie nie znaleziono na to dowodów).
Po odejściu z polityki Milczanowski prowadził kancelarię notarialną w Szczecinie. Ograniczył aktywność publiczną. Po 2015 r. pojawiał się na ulicznych protestach Komitetu Obrony Demokracji. W 2018 r. szczecińscy radni z klubu PO przygotowali projekt uchwały o przyznaniu Andrzejowi Milczanowskiemu tytułu Honorowego Obywatela Szczecina. W Radzie Miasta Szczecina nie było jednak w tej kwestii jednomyślności, krytycznie wypowiadali się radni PiS.
„W związku z faktem, iż moja kandydatura stała się przedmiotem sporu politycznego, oświadczam, że nie życzę sobie rozpatrywania sprawy przyznania tytułu Honorowego Obywatela Szczecina” – napisał Milczanowski w podaniu złożonym w biurze szczecińskiej RM w marcu 2018 r.
Andrzej Milczanowski mieszkał z żoną na szczecińskim Pogodnie. Miał córkę.
Zmarł 23 lipca w szpitalu. Od lat zmagał się z chorobą.
Zgodnie z ostatnią wolą zmarłego i decyzją rodziny – uroczystości pogrzebowe zorganizowane w piątek (26 lipca) miały charakter prywatny. Uczestniczyć w nich mieli tylko najbliżsi.
Andrzej Milczanowski w 1995 r. został odznaczony Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski, a w 2015 r. Krzyżem Wolności i Solidarności. W 1988 r. został laureatem Nagrody Fundacji Polcul (1988), a także Nagrody Wolności duńskiej Fundacji im. Paula Lauritzena (wspólnie z Piotrem Andrzejewskim), która honoruje osoby działające na rzecz praw człowieka. (PAP)
